Isolasi Bakteri Dan Fungi Dari Lingkungan Akuatik

ISOLASI BAKTERI DAN FUNGI DARI LINGKUNGAN AKUATIK

Ita Apriani

C14090019

1.1              Latar Belakang

Mikroorganisme atau mikroba adalah organisme mikroskopik yang sebagian besar berupa satu sel yang terlalu kecil untuk dapat dilihat menggunakan mata telanjang. Mikroba berukuran sekitar seperseribu milimeter (1 mikrometer) atau bahkan kurang, walaupun ada juga yang lebih besar dari 5 mikrometer. Karenanya, mikroba hanya bisa dilihat dengan menggunakan alat bantu berupa mikroskop (Admin, 2008).

Isolasi merupakan cara untuk memisahkan atau memindahkan mikroba tertentu dari lingkungannya, sehingga diperoleh kultur murni atau biakan murni. Kultur murni ialah kultur yang sel-sel mikrobanya berasal dari pembelahan dari satu sel tunggal.  Di alam fungi dan yeast/khamir juga tidak pernah berada di suatu tempat hanya dalam satu spesies. Karena itu untuk memperoleh populasi fungi dan yeast/khamir dalam kultur murni, juga harus dilakukan teknik isolasi dan pemurnian. Metodenya serupa bakteri, sumber fungi hampir sama dengan bakteri (Pelczar dalam Idafi, 2009).

1.2              Tujuan

Mempelajari cara mengisolasi bakteri dari lingkungan akuatik dengan menggunakan metode penggoresan kuadran serta mengamati ciri-ciri koloni bakteri tumbuh.

I.                   METODELOGI

1.1              Waktu dan Tempat

Praktikum ini dilaksanakan pada hari Rabu, 16 Maret 2011 pada pukul 07.00-10.00 WIB dan pengamatan dilakukan pada hari berikutnya Kamis, 17 Maret 2011 pada pukul 10.00 WIB  bertempat di Laboratorium Kesehatan Ikan, Departemen Budidaya Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Institut Pertanian Bogor, Bogor.

1.2              Alat dan Bahan

Pada praktikum kali ini alat dan bahan yang digunakan adalah lup inokulasi, kaca penyebar,  pembakar bunsen, kertas label, korek api, tisu dan incubator. Sedangkan bahan yang digunakan adalah media SWC untuk air laut, media TCBS untuk air laut khususnya kultur bakteri Vibrio, media TSA untuk air kolam, media GYA untuk kultur fungi, dan EMBA untuk air WC spesifik untuk bakteri E. coli dan alkohol 70%.

I.                   HASIL DAN PEMBAHASAN

1.1              Hasil

Berikut ini adalah hasil isolasi bakteri dan fungi dari lingkungan akuatik :

Tabel 1. Hasil Pengamatan Morfologi Koloni Bakteri dan Fungi

Asal sampel	Media	Koloni Yang Timbul			Gambar
		Ciri Koloni
		Bentuk	Tepian	Elevasi
Telur ikan yang berjamur	TSA	Bundar	Licin	Datar
	GYA	Bundar	Licin	Cembung
Air WC	EMBA	Bundar	Licin	Cembung
Air Laut	TCBS	Bundar	Licin	Cembung
Air laut	SWC	Bundar	Licin	Cembung
Air Kolam BDP	TSA	Bundar	Licin	Cembung

Berdasarkan tebel 1 di atas, diperoleh kesimpulan bahwa media TSA dengan telur ikan yang berjamur tumbuh koloni dengan ciri-ciri berbentuk bundar, tepian licin dan elevasi datar. Sedangkan untuk media GYA dengan sampel telur ikan yang berjamur, EMBA dengan sampel air WC, TSA dengan sampel air kolam BDP, SWC dan TCBS dengan sampel air laut secara keseluruhan tumbuh koloni dengan ciri-ciri berbentuk bundar, tepian licin, dan elevasi cembung.

1.2              Pembahasan

Kultur murni adalah kultur yang sel-sel mikrobanya berasal dari pembelahan satu sel tunggal. Biakan murni diperlukan karena semua metode mikrobiologis yang digunakan untuk menelaah dan mengidentifikasi mikroba, termasuk penelaahan ciri-ciri kultur, morfologis, maupun serologis memerlukan suatu populasi yang terdiri dari satu macam mikroba saja (Waluyo dalam Iman, 2010). Karakteristik koloni bakteri hasil inokulasi merupakan salah satu bagian dalam identifikasi bakteri. Beberapa bentuk koloni spesifik koloni bakteri pada media agar datar yaitu (Sutedjo dalam Sari, 2009) :

1.      Ukuran

• Titik

• Kecil

• Sedang

• Besar

2.      Warna koloni

Bakteri yang hidup hampir tidak berwarna dan tidak kontras dengan air, di mana sel-sel bakteri tersebut disuspensikan. Oleh karena itu pengamatan tanpa pewarnaan menjadi lebih sukar dan tidak dapat digunakan untuk melihat bagian-bagian sel dengan teliti

3.      Bentuk koloni

• Bundar

• Tidak beraturan

• Rhizoid (tersebar seperti akar)

4.      Bentuk bagian tepi koloni (margin )

• Rata (entire)

• Tidak rata, bergelombang secara beraturan (lobate )

• Bergelombang (undulate )

• Bergerigi (serrate )

• Seperti filamen (filamentous)

Eosin Methylene Blue Agar (EMBA) agar adalah media selektif dan diferensial. Media ini berisi Eosin dan metilen biru, yang menghambat pertumbuhan bakteri gram positif dan oleh karena itu media ini dipilih untuk bakteri gram negatif. EMBA juga berisi karbohidrat laktosa, yang memungkinkan bakteri gram negatif terdiferensiasi berdasarkan pada kemampuan mereka untuk memfermentasi laktosa. Pada praktikum pertumbuhan di cawan menunjukkan bakteri Escherichia coli, tidak dihambat oleh Eosin dan methylene biru dan merupakan bakteri gram negatif. Hal ini sesuai dengan pendapat Martutik (2005) Warna hijau metalik mengkilat menunjukkan E. coli dapat memfermentasi laktosa menghasilkan produk akhir bersifat asam kuat EMBA merupakan media diferensial berbentuk padat dapat digunakan untuk mengadakan isolasi serta mendeteksi Enterobacteriaceae, E. coli dan campuran spesies-spesies bakteri yang berbentuk batang koliform. Eosin dan methylene blue ini dapat juga berperan sebagai indikator produksi asam.

Vibrio harveyi dan Vibrio alginolyticus merupakan bakteri penyebab penyakit pada udang yang mampu menyerang bagian-bagian tubuh udang baik di luar maupun di dalam tubuh. Udang yang terserang di bagian luar oleh bakteri tersebut pada umumnya kulit menjadi keropos atau lunak. Keadaan tersebut menyebabkan para ahli perikanan melakukan berbagai penelitian untuk memusnahkan atau mencegah udang terinfeksi bakteri ini. Hasil praktikum  ini menunjukkan bahwa kedua bakteri tersebut mampu tumbuh pada media TSA. Spesies Vibrio yang mampu tumbuh lebih baik adalah Vibrio harveyi berdasarkan jumlah koloni yang lebih banyak serta kemampuannya menambah jumlah koloni tersebut di keesokan harinya. Penggunaan media TSA tidak berpengaruh nyata terhadap ukuran koloni dan bentuk koloni bakteri. Sedangkan warna koloni berbeda pada media, yaitu pada Vibrio alginolyticus warna koloni kekuningan sedangkan V.  harveyi warna koloni kehijauan. Hal ini sesuai dengan hasil penelitian Widarnani (2007) yang mengatakan bahwa Hasil karakterisasi isolat 1 Ub menunjukkan bahwa isolat tersebut memiliki bentuk koloni bulat, tepian licin, elevasi cembung, koloni pada media SWC berwarna kunign, bersifat gram negatif dan sel tunggal berbentuk batang pendek. Sedangkan isolat SKT-b dan Ua adalah bakteri gram negatif, bersifat motil. Berbentuk batang pendek, koloninya berwarna kuning pada media TCBS, dan bersifat menyebar pada media SWC-agar. Hasil analisis sekuen sebagian gen 16-rRNA menunjukkan bahwa isolat 1Ub termasuk speseis Pseudoalteromonas piscicida dengan indeks kemiripan 98%, sedangkan isolat SKT-b dan Ua termasuk spesies Vibrio alginolyticus dengan indeks kemiripan masing-masing 88% dan 98%.

I.                   KESIMPULAN DAN SARAN

1.1              Kesimpulan

Praktikum isolasi bakteri dan fungi dari lingkungan akuatik telah berhasil dilakukan dengan metode cawan gores kuadran. Setiap media mempunyai fungsi masing-masing dalam menumbuhkan biakan murni. Secara umum koloni yang terdapat pada biakan murni mempunyai cirri-ciri berbentuk bundar dengan tepian licin dan elevasi cembung.

1.2              Saran

Wadah yang digunakan untuk medium sebaiknya diperbanyak jumlahnya dan lebih beragam sehingga praktikan dapat lebih mahir dalam pemindahan biakan mikroba secara aseptik.

  

DAFTAR PUSTAKA

Admin. 2008. Mikroba http://www.halalguide.info/2008/09/08/mikroba-sang-makhluk-halus/ [20 Maret 2011].

Idafi, M. 2009. Isolasi dan Pemurnian Mikroba. http://www.scribd.com/doc/24543240/Isolasi-Dan-Pemurnian-Mikrobia-Dafi017  [20 Maret 2011].

Iman, MS. 2010. Isolasi dan Pemurnian Mikroba. http://www.scribd.com/doc/39990976/Lap-praktikum-3-Isolasi-Dan-Pemurnian-Mikroba   [20 Maret 2011].

Martutik. 2005. Studi Pertumbuhan Bakteri Vibrio harveyi dan Vibrio alginolyticus pada Media TSA dengan Penambahan Chitin. http://digilib.umm.ac.id/gdl.php?mod=browse&op=read&id=jiptummpp-gdl-s1-2005-martutik00 2208&PHPSESSID=42d6ee65b827a38f44956092d28ba985. [20 Maret 2011].

Sari, Noorkomala. 2009. Teknik Isolasi Mikroorganisme. http://www.scribd.com/doc/24589708/Teknik-Isolasi-M-O  [20 Maret 2011].

Widarnani, Sukenda, Mia Setiawati. 2007. Bakteri probiotik dalam Budidaya Udang: Seleksi, Karakterisasi, Mekanisme aksi dan Aplikasinya sebagai agen Biokontrol.http://web.ipb.ac.id/~lppm/lppmipb/penelitian/hasilcari.php?status=buka&id_haslit=HB/018.07/WID/b. [20 Maret 2011]